本发明涉及生物工程领域，尤其涉及控制水稻耐冷的基因epicold1及其应用。
背景技术：
1、水稻是起源于热带的重要粮食作物，与其他谷类作物相比，对低温胁迫/冷胁迫更为敏感。世界范围内，超过1500万公顷水稻在单个或多个生长阶段遭受冷害，导致平均水稻产量减少5-40%。为保证我国的粮食安全，最大限度地减少冷害对水稻产量损失并扩大水稻种植范围，鉴定耐低温基因，尤其是驯化过程中和不同生态条件下产生变异的重要耐低温基因，并进行水稻的耐冷的遗传改良至关重要。
技术实现思路
1、有鉴于此，本发明提供了控制水稻耐冷的基因epicold1及其应用。本发明通过在一个水稻微核心种质水稻群体（shang et al., 2022）中发现，有一个基因的启动子在96%的粳稻中为低甲基化基因高表达状态，在88%的籼稻为高甲基化基因低表达状态，通过dna去甲基化修饰提高了籼稻的耐冷性。本发明首次通过表观修饰获得epicold1高表达的稳定遗传材料，为水稻耐冷种质的创制提供新方法。
2、为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：
3、本发明提供了标志物，包括：epicold1基因的高甲基化区域的甲基化水平；
4、所述epicold1基因具有：
5、（1）、如seq id no:1所示的核苷酸序列；或
6、（2）、如（1）所示的核苷酸序列经取代、缺失或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列，且与（1）所示的核苷酸序列功能相同或相似的核苷酸序列；或
7、（3）、与（1）或（2）所示的核苷酸序列至少有80%同一性的核苷酸序列；和/或
8、所述高甲基化区域具有：
9、（4）、如seq id no:2所示的核苷酸序列；或
10、（5）、如（4）所示的核苷酸序列经取代、缺失或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列，且与（4）所示的核苷酸序列功能相同或相似的核苷酸序列；或
11、（6）、与（4）或（5）所示的核苷酸序列至少有80%同一性的核苷酸序列。
12、在本发明的一些实施方案中，seq id no:1的序列为：atgggttcttcgtcttccacctccctcgtctccctcctcctcccctgcctcctctccttgctcctcatccgcctctccacccacctcaaccctgacccgaccgccgccgcgccccgcttcaagaggacccctcccttccccctccgcttccgccatgacggcgccttcaagatcctccaggtggcggacatgcacttcggcaacggcgccgccacgcggtgccgggacgtggcgccggaggtgggcggcgcgcgctgctccgacctcaacaccacgcggttcctgcggcgggtcatcgaggccgagaggcccgacctcatcgccttcaccggagacaatatatttgggggcagtgcatctgatgcagctgagtcactactcaaagcaattagccctgcaatcgagtataaagtaccatgggctgccattttaggaaatcatgaccaggagtccactatgaccagagaggaactgatggtgttcatgtccctgatggattactcggtatctcaagtaaaccctcctggttctttggtacatgggtttggcaactatcatgtcagcatacatgggccgtttggttctgagtttgtcaatactagtttacttaacctttacttcctggatagtggtgatcgtgaagtggtcaatggagtaaaaacctatggatggatcaaagaatctcaacttgcttggcttcgtgctacctcacaggagcttcagcaaaacttgcatgctcctgcatttgcattctttcacatcccaattccagaagtcagagggctgtggtatacaggtttcaagggccagtatcaggaaggggtggcttgctcaactgtaaactccggtgttcttggcaccctaacctccatgggagatgtgaaagctgtctttcttggccatgaccatcttaatgatttttgtggcgaccttaatgggatatggttctgttatggtggtggctttggttatcatgcctatggaagacctcattggccaagaagagctcgggtaattcatactgaactcaagaaagggcagaaatcattggtggaagtcgagtcgatccacacctggaagctgttagatgatgaaaaactaactaaaattgatgagcaggttctttggagacacagcagcatatga。
13、在本发明的一些实施方案中，seq id no:2的序列为：cgaagcccacagtgcctgttaccccaaatacgttacctcaagcccactgacgaaatttattccccacctacccttccacctagcgactcgtcttctcctccactccatcaccgtggcctacctctcctgccgcgccgccgctctgcttctcccgcgcctcctcgcctcccacaccgccgcgcctccttctcctctcctcccaagcagcagcagcaggagatggggcggtctacggcggtcggcggcggcggcttccgcggcgcggtctttggcggcacggtctgcggcattcttggcaacgactcaccatcgtgtgggcggctggcggttcttggcagcgcgcggcgaagactcggcggaggcggactcgagcagctgctccatccacggccgccgctctgcttcttctccctcgccgcgcctccttcccctccctctctgtctgccgcccctcccctctccctttcccactccgtcgcggcgatggtgaagggccatggtttggttgcgttgcaaatccatccattcactcccttgcgccgtcatggtcttcatcgccaccaccacagcggcactggcaccggcgtcatggcgcggccgccgcccgcgtcacactcaacgccatcggagagacgctttgccacagctgaatgtacacagaaaaaacataatattctctctctctctttgttttttgatctatttgtgttcttcgatttgtttgcatggttctgatttgattttgattttgatttgtatttgtgttgaagcaactggaagtgttctaggcccctccccggcagccaccggctcgtcgtcggcaccccg。
14、本发明还提供了上述标志物在提高水稻耐冷性中的应用。
15、本发明还提供了核酸分子，将上述应用中的所述高甲基化区域去甲基化后获得。
16、在本发明的一些实施方案中，上述核酸分子中，所述高甲基化区域具有：
17、（7）、如seq id no:2所示的核苷酸序列；或
18、（8）、如（7）所示的核苷酸序列经取代、缺失或添加一个或多个碱基获得的核苷酸序列，且与（7）所示的核苷酸序列功能相同或相似的核苷酸序列；或
19、（9）、与（7）或（8）所示的核苷酸序列至少有80%同一性的核苷酸序列。
20、本发明还提供了表达盒，包括：上述核酸分子。
21、本发明还提供了重组载体，包括：上述核酸分子和/或上述表达盒。
22、本发明还提供了宿主，转化和/或转染上述重组载体。
23、本发明还提供了上述核酸分子、上述表达盒、上述重组载体和/或上述宿主在提高植物耐冷性中的应用。
24、在本发明的一些实施方案中，上述应用中，所述提高植物耐冷性包括如下步骤：将所述重组载体转入受体植物。
25、在本发明的一些实施方案中，上述应用中，所述植物包括：水稻。
26、本发明提供了标志物，包括：epicold1基因的高甲基化区域的甲基化水平。
27、本发明通过在一个水稻微核心种质水稻群体中发现，有一个基因的启动子在96%的粳稻中为低甲基化基因高表达状态，在88%的籼稻为高甲基化基因低表达状态，通过dna去甲基化修饰提高了籼稻的耐冷性。本发明首次通过表观修饰获得epicold1高表达的稳定遗传材料，为水稻耐冷种质的创制提供新方法。
1.标志物，其特征在于，包括：epicold1基因的高甲基化区域的甲基化水平；
2.如权利要求1所述的标志物在提高水稻耐冷性中的应用。
3.核酸分子，其特征在于，将如权利要求1或2所述应用中的所述高甲基化区域去甲基化后获得。
4.如权利要求3所述的核酸分子，其特征在于，所述高甲基化区域具有：
5.表达盒，其特征在于，包括：如权利要求3或4所述的核酸分子。
6.重组载体，其特征在于，包括：如权利要求3或4所述的核酸分子和/或如权利要求5所述的表达盒。
7.宿主，其特征在于，转化和/或转染如权利要求6所述的重组载体。
8.如权利要求3或4所述的核酸分子、如权利要求5所述的表达盒、如权利要求6所述的重组载体和/或如权利要求7所述的宿主在提高植物耐冷性中的应用。
9.如权利要求8所述的应用，其特征在于，所述提高植物耐冷性包括如下步骤：将所述重组载体转入受体植物。
10.如权利要求8或9所述的应用，其特征在于，所述植物包括：水稻。
