背景技术：
1、某些疾病或疾患是由基因突变或由于影响信号传导途径的一个或多个基因的过度或表达不足而导致的信号传导途径失调引起的。为了治疗此类疾病或疾患，最受欢迎的治疗选择之一涉及直接编辑基因突变，或使用基因沉默工具或方法进行转录/翻译调节。rna诱导的基因沉默从多个方面控制靶基因的rna表达，包括转录失活、mrna降解、转录减弱。因此，仍然需要用于在rna水平上有效编辑基因表达的组合物和方法。
技术实现思路
1、在一些方面中，本文描述了包含能够结合至kras mrna的反义寡核苷酸的组合物。在一些实施方案中，kras mrna是突变的kras mrna。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与以下序列之一至少80％、85％或90％同一的序列：seq id no:100-556。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与以下序列中的任一个至少80％、85％或90％同一的序列：seq idno:24-43、65-82或87。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与以下序列中的任一个至少80％、85％或90％同一的序列：seq id no:129、seq id no:213、seq id no:214、seq idno:215、seq id no:216、seq id no:217、seq id no:250、seq id no:251、seq id no:252、seq id no:253、seq id no:254、seq id no:255、seq id no:256、seq id no:392、seq idno:393、seq id no:394、seq id no:399、seq id no:400、seq id no:401、seq id no:402、seq id no:427、seq id no:428、seq id no:429、seq id no:430、seq id no:433、seq idno:434、seq id no:435、seq id no:436、seq id no:437、seq id no:438、seq id no:439、seq id no:440、seq id no:441、seq id no:494、seq id no:495、seq id no:496、seq idno:497、seq id no:503、seq id no:504、seq id no:505、seq id no:506、seq id no:507、seq id no:508、seq id no:509、seq id no:510、seq id no:511、seq id no:512、seq idno:513、seq id no:514、seq id no:515、seq id no:516、seq id no:517、seq id no:518、seq id no:519、seq id no:520、seq id no:521、seq id no:522、seq id no:18、seq idno:19或seq id no:20。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:18-20、seq idno:24-43、seq id no:65-82或seq id no:87中的任一个至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含12-30个核苷酸的长度。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含间隙区段和翼区段。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含5’-翼区段和3’-翼区段。在一些实施方案中，5’-翼区段和3’-翼区段中的每一个都是三个连接的核苷酸。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含至少一个2'-修饰的核苷、至少一个修饰的核苷酸间连键、或至少一个反向无碱基部分。在一些实施方案中，至少一个2'修饰的核苷酸：包含2'-o-甲基、2'-o-甲氧基乙基(2'-o-moe)、2'-o-氨基丙基、2'-脱氧、2'-脱氧-2'-氟、2'-o-氨基丙基(2'-o-ap)、2'-o-二甲氨基乙基(2'-o-dmaoe)、2'-o-二甲氨基丙基(2'-o-dmap)、2'-o-二甲氨基乙氧基乙基(2'-o-dmaeoe)或2'-o-n-甲基乙酰胺基(2'-o-nma)修饰的核苷酸、锁定核酸(lna)、限制性乙基(cet)糖、乙烯核酸(ena)或其组合。在一些实施方案中，至少一个修饰的核苷酸间连键包含硫代磷酸酯连键或二硫代磷酸酯连键。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含磷酰二胺吗啉代寡聚物(pmo)、锁定核酸(lna)、硫代吗啉代、限制性乙基(cet)糖或其组合。在一些实施方案中，反义寡核苷酸与肽、抗体、脂质、碳水化合物、适体或聚合物缀合。在一些实施方案中，反义寡核苷酸通过接头与肽、抗体、脂质、碳水化合物、适体或聚合物缀合。在一些实施方案中，组合物包含特异性地结合至kras mrna的反义寡核苷酸和特异性地结合至突变的kras mrna的反义寡核苷酸的组合。在一些实施方案中，组合物包含能够结合至kras mrna和突变的kras mrna的反义寡核苷酸。在一些实施方案中，组合物还包含赋形剂。在一些实施方案中，组合物被配制用于肠胃外或吸入施用。在一些实施方案中，突变的kras mrna编码突变的kras蛋白，其包含g12c突变、g12v突变、g12a突变或g12d突变。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:19、27、28、37、44或65-81中的任一个至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:19、28、44、67、72-77或79-81中的任一个至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:19至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:28至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:44至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:67至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq idno:72至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seqid no:73至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:74至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:75至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:76至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:77至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:79至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:80至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:81至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列为seq id no:19、27、28、37、44或65-81中的任一个。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列为seqid no:19、28、44、67、72-77或79-81中的任一个。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seqid no:19的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:28的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:44的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:67的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:72的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:73的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:74的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:75的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:76的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:77的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:79的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:80的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:81的核酸序列。
2、在一些方面中，本文描述了一种调节癌细胞中kras介导的信号传导途径的方法，所述方法包括：用包含能够结合至kras mrna或突变的kras mrna的反义寡核苷酸的组合物治疗所述癌细胞，从而降低所述癌细胞中kras mrna或突变的kras mrna的表达。在一些实施方案中，癌细胞是肺癌细胞、胰腺癌细胞或结肠癌细胞。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：seq id no:100-556。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：seq id no:24-43、65-82或87。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：seq id no:129、seq id no:213、seq id no:214、seq id no:215、seq id no:216、seq id no:217、seq id no:250、seq id no:251、seqid no:252、seq id no:253、seq id no:254、seq id no:255、seq id no:256、seq id no:392、seq id no:393、seq id no:394、seq id no:399、seq id no:400、seq id no:401、seqid no:402、seq id no:427、seq id no:428、seq id no:429、seq id no:430、seq id no:433、seq id no:434、seq id no:435、seq id no:436、seq id no:437、seq id no:438、seqid no:439、seq id no:440、seq id no:441、seq id no:494、seq id no:495、seq id no:496、seq id no:497、seq id no:503、seq id no:504、seq id no:505、seq id no:506、seqid no:507、seq id no:508、seq id no:509、seq id no:510、seq id no:511、seq id no:512、seq id no:513、seq id no:514、seq id no:515、seq id no:516、seq id no:517、seqid no:518、seq id no:519、seq id no:520、seq id no:521、seq id no:522、seq id no:18、seq id no:19或seq id no:20。在一些实施方案中，组合物包含特异性地结合至krasmrna的反义寡核苷酸和特异性地结合至突变的kras mrna的反义寡核苷酸的组合。在一些实施方案中，组合物包含能够结合至kras mrna和突变的kras mrna的反义寡核苷酸。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含至少一个2'-修饰的核苷、至少一个修饰的核苷酸间连键或至少一个反向无碱基部分。在一些实施方案中，至少一个2'修饰的核苷酸：包含2'-o-甲基、2'-o-甲氧基乙基(2'-o-moe)、2'-o-氨基丙基、2'-脱氧、2'-脱氧-2'-氟、2'-o-氨基丙基(2'-o-ap)、2'-o-二甲氨基乙基(2'-o-dmaoe)、2'-o-二甲氨基丙基(2'-o-dmap)、2'-o-二甲氨基乙氧基乙基(2'-o-dmaeoe)或2'-o--n-甲基乙酰胺基(2'-o-nma)修饰的核苷酸：包含锁定核酸(lna)、锁定核酸(lna)、限制性乙基(cet)糖或乙烯核酸(ena)、硫代吗啉代或其组合。在一些实施方案中，治疗后kras蛋白、突变的kras蛋白、kras mrna或突变的krasmrna的表达降低至少30％、至少40％、至少50％。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:19、27、28、37、44或65-81中的任一个至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:19、28、44、67、72-77或79-81中的任一个至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq idno:19至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seqid no:28至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:44至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:67至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:72至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:73至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:74至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:75至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:76至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:77至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:79至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:80至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含与seq id no:81至少80％、85％或90％同一的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列为seq id no:19、27、28、37、44或65-81中的任一个。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列为seq id no:19、28、44、67、72-77或79-81中的任一个。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:19的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq idno:28的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:44的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:67的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:72的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:73的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:74的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:75的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:76的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:77的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:79的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:80的核酸序列。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含seq id no:81的核酸序列。
3、在一些方面中，本文描述了一种治疗有需要的受试者的癌症的方法，所述方法包括：向所述受试者施用包含本文所述的反义寡核苷酸的组合物，从而治疗所述受试者的癌症。在一些实施方案中，癌症与kras介导的信号传导途径的异常相关。在一些实施方案中，癌症是肺癌、胰腺癌或结肠癌。在一些实施方案中，以足以使受试者的存活率增加至少5％的剂量和时间表向受试者施用组合物。在一些实施方案中，以足以抑制肿瘤生长的剂量和时间表向受试者施用组合物。在一些实施方案中，癌症与kras或突变的kras相关。在一些实施方案中，突变的kras mrna编码突变的kras蛋白，其包含g12c突变、g12v突变、g12a突变或g12d突变。
1.一种组合物，所述组合物包含能够结合至kras mrna的反义寡核苷酸。
2.如权利要求1所述的组合物，其中所述kras mrna是突变的kras mrna。
3.如权利要求1或权利要求2所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含与以下序列之一至少80％、85％或90％同一的序列：seq id no:100-556。
4.如权利要求1或权利要求2所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含与以下序列中的任一个至少80％、85％或90％同一的核酸序列：seq id no:24-43、65-82或87。
5.如权利要求1或权利要求2所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含与以下序列中的任一个至少80％、85％或90％同一的序列：
6.如权利要求1-3中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含与seq id no:18-20、seq id no:24-43、seq id no:65-82或seq id no:87中的任一个至少80％、85％或90％同一的核酸序列。
7.如权利要求1-6中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含12-30个核苷酸的长度。
8.如权利要求1-7中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含间隙区段和翼区段。
9.如权利要求8所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含5’-翼区段和3’-翼区段。
10.如权利要求9所述的组合物，其中所述5’-翼区段和所述3’-翼区段中的每一个都是三个连接的核苷酸。
11.如权利要求1-10中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含至少一个2'-修饰的核苷、至少一个修饰的核苷酸间连键或至少一个反向无碱基部分。
12.如权利要求11所述的组合物，其中所述至少一个2'修饰的核苷酸：包含2'-o-甲基、2'-o-甲氧基乙基(2'-o-moe)、2'-o-氨基丙基、2'-脱氧、2'-脱氧-2'-氟、2'-o-氨基丙基(2'-o-ap)、2'-o-二甲氨基乙基(2'-o-dmaoe)、2'-o-二甲氨基丙基(2'-o-dmap)、2'-o-二甲氨基乙氧基乙基(2'-o-dmaeoe)或2'-o-n-甲基乙酰胺基(2'-o-nma)修饰的核苷酸、锁定核酸(lna)、限制性乙基(cet)糖、乙烯核酸(ena)或其组合。
13.如权利要求11所述的组合物，其中所述至少一个修饰的核苷酸间连键包含硫代磷酸酯连键或二硫代磷酸酯连键。
14.如权利要求1-13中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含磷酰二胺吗啉代寡聚物(pmo)、锁定核酸(lna)、硫代吗啉代、限制性乙基(cet)糖或其组合。
15.如权利要求1-14中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸与肽、抗体、脂质、碳水化合物、适体或聚合物缀合。
16.如权利要求15所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸通过接头与肽、抗体、脂质、碳水化合物、适体或聚合物缀合。
17.如权利要求2所述的组合物，其中所述组合物包含特异性地结合至所述kras mrna的反义寡核苷酸和特异性地结合至所述突变的kras mrna的反义寡核苷酸的组合。
18.如权利要求2所述的组合物，其中所述组合物包含能够结合至kras mrna和突变的kras mrna两者的反义寡核苷酸。
19.如权利要求1-18中任一项所述的组合物，其中所述组合物还包含赋形剂。
20.如权利要求1-18中任一项所述的组合物，其中所述组合物被配制用于肠胃外或吸入施用。
21.如权利要求2所述的组合物，其中所述突变的kras mrna编码突变的kras蛋白，所述突变的kras蛋白包含g12c突变、g12v突变、g12a突变或g12d突变。
22.如权利要求1-21中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含与seq idno:19、27、28、37、44或65-81中的任一个至少80％、85％或90％同一的核酸序列。
23.如权利要求22所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含与seq id no:19、28、44、67、72-77或79-81中的任一个至少80％、85％或90％同一的核酸序列。
24.如权利要求1-21中任一项所述的组合物，其中所述反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列为seq id no:19、27、28、37、44或65-81中的任一个。
25.一种调节癌细胞中kras介导的信号传导途径的方法，所述方法包括：用包含能够结合至kras mrna或突变的kras mrna的反义寡核苷酸的组合物治疗所述癌细胞，从而降低所述癌细胞中kras mrna或突变的kras mrna的表达。
26.如权利要求25所述的方法，其中所述癌细胞是肺癌细胞、胰腺癌细胞或结肠癌细胞。
27.如权利要求25或26所述的方法，其中所述反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：seq id no:100-556。
28.如权利要求25或26所述的方法，其中所述反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：seq id no:24-43、65-82或87。
29.如权利要求25或26所述的方法，其中所述反义寡核苷酸包含与以下序列之一具有至少80％、85％或90％相似性的序列：
30.如权利要求25-29中任一项所述的方法，其中所述组合物包含特异性地结合至所述kras mrna的反义寡核苷酸和特异性地结合至所述突变的kras mrna的反义寡核苷酸的组合。
31.如权利要求25-29中任一项所述的方法，其中所述组合物包含能够结合至krasmrna和突变的kras mrna两者的反义寡核苷酸。
32.如权利要求25-31中任一项所述的方法，其中所述反义寡核苷酸包含至少一个2'-修饰的核苷、至少一个修饰的核苷酸间连键、或至少一个反向无碱基部分。
33.如权利要求32所述的方法，其中所述至少一个2'修饰的核苷酸：包含2'-o-甲基、2'-o-甲氧基乙基(2'-o-moe)、2'-o-氨基丙基、2'-脱氧、2'-脱氧-2'-氟、2'-o-氨基丙基(2'-o-ap)、2'-o-二甲氨基乙基(2'-o-dmaoe)、2'-o-二甲氨基丙基(2'-o-dmap)、2'-o-二甲氨基乙氧基乙基(2'-o-dmaeoe)或2'-o--n-甲基乙酰胺基(2'-o-nma)修饰的核苷酸；包含锁定核酸(lna)、锁定核酸(lna)、限制性乙基(cet)糖或乙烯核酸(ena)、硫代吗啉代或其组合。
34.如权利要求25-33中任一项所述的方法，其中所述治疗后kras蛋白、突变的kras蛋白、kras mrna或突变的kras mrna的表达降低至少30％、至少40％、至少50％。
35.如权利要求25、26或30-34中任一项所述的方法，其中所述反义寡核苷酸包含与seqid no:19、27、28、37、44或65-81中的任一个至少80％、85％或90％同一的核酸序列。
36.如权利要求35所述的方法，其中所述反义寡核苷酸包含与seq id no:19、28、44、67、72-77或79-81中的任一个至少80％、85％或90％同一的核酸序列。
37.如权利要求36中任一项所述的方法，其中所述反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列为seq id no:19、27、28、37、44或65-81中的任一个。
38.如权利要求37所述的方法，其中所述反义寡核苷酸包含核酸序列，所述核酸序列为seq id no:19、28、44、67、72-77或79-81中的任一个。
39.一种治疗有需要的受试者的癌症的方法，所述方法包括：向所述受试者施用如权利要求1-24中任一项所述的组合物，从而治疗所述受试者的所述癌症。
40.如权利要求39所述的方法，其中所述癌症与kras介导的信号传导途径的异常相关。
41.如权利要求39所述的方法，其中所述癌症是肺癌、胰腺癌或结肠癌。
42.如权利要求39所述的方法，其中所述组合物以足以使所述受试者的存活率增加至少5％的剂量和时间表施用于所述受试者。
43.如权利要求39所述的方法，所述组合物以足以抑制肿瘤生长的剂量和时间表施用于所述受试者。
44.如权利要求39所述的方法，其中所述癌症与kras或突变的kras相关。
45.如权利要求44所述的方法，其中所述突变的kras mrna编码突变的kras蛋白，其包含g12c突变、g12v突变、g12a突变或g12d突变。
