用于检测中国人群精神分裂症相关SNP位点的组合物、产品及其应用的制作方法

专利2022-05-09  22

本发明涉及基因检测技术领域,尤其是涉及用于检测中国人群精神分裂症相关snp位点的组合物、产品及其应用。



背景技术:

精神分裂症是一组病因未明的慢性疾病,多在青壮年缓慢或亚急性起病,临床上往往表现出症状各异的综合征,涉及感知觉、思维、情感和行为等多方面的障碍以及精神活动的不协调,病程迁延,常可发展为精神活动衰退等特征。本病严重损害患者的身心健康,给患者家庭、社会带来沉重的负担。

群体遗传学研究结果证明,精神分裂症属于多基因遗传的复杂性疾病,遗传度即遗传因素占60%-80%,后天因素占40%-20%。单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,snp)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的dna序列多态性,它是人类可遗传的变异中最常见的一种,占所有已知多态性的90%以上。snp的二态性有利于对其进行基因分型,从而快速确定个体的遗传特征。

通过临床对照检验和测序分析等,目前已确定了多个精神分裂症的相关致病位点,收录在clinvar和hgmd等数据库中。同时,近年来大量的gwas分析也提供了很多与精神分裂症发病风险具有显著相关性的位点。但是目前为止,仍然没有任何一个系统完整地收录评估这些snp位点,用于精神分裂症的早期筛查。鉴于精神分裂症的发病率逐年升高,严重危害个人、家庭和社会,因此,收录并评估相关snp位点从而进行精神分裂症的早期筛查是非常必要的。



技术实现要素:

本发明提供了一种用于检测精神分裂症相关snp位点的组合物,所述组合物包括检测人基因组中snp位点的多态性或基因型的物质,所述snp位点包括rs4522708、rs11038167、rs11038172、rs835784、rs1051061、rs7757969、rs3933097、rs9326555、rs10489202、rs2269372、rs2734647、rs2239464、rs2269368、rs1344706、rs1006737、rs945110040、rs1187475413、rs865922915、rs558721552、rs531105836、rs950422183、rs1230599095和rs752084147。例如,所述组合物针对acna1i、tspan18、vrk2、fyn、emb、bcl9、mpc2、renbp、mecp2、arhgap4、znf804a、cacna1c、nr4a2、gap43、tenm4、nrgn、nlgn2和chst9基因及其周围的点突变、缺失突变进行分型检测。

可选地,根据上述的组合物,所述组合物含有扩增包括所述snp位点在内的人基因组dna片段的pcr引物对组合物和/或单碱基延伸引物组合物。

可选地,根据上述的组合物,所述pcr引物对组合物包括f1-r1引物对、f2-r2引物对、f3-r3引物对、f4-r4引物对、f5-r5引物对、f6-r6引物对、f7-r7引物对、f8-r8引物对、f9-r9引物对、f10-r10引物对、f11-r11引物对、f12-r12引物对、f13-r13引物对、f14-r14引物对、f15-r15引物对、f16-r16引物对、f17-r17引物对、f18-r18引物对、f19-r19引物对、f20-r20引物对、f21-r21引物对、f22-r22引物对和f23-r23引物对,所述f1-r1引物对的两条单链dna序列如seqidno.1-2所示或与seqidno.1-2具有至少85%同一性,所述f2-r2引物对的两条单链dna序列如seqidno.3-4所示或与seqidno.3-4具有至少85%同一性,所述f3-r3引物对的两条单链dna序列如seqidno.5-6所示或与seqidno.5-6具有至少85%同一性,所述f4-r4引物对的两条单链dna序列如seqidno.7-8所示或与seqidno.7-8具有至少85%同一性,所述f5-r5引物对的两条单链dna序列如seqidno.9-10所示或与seqidno.9-10具有至少85%同一性,所述f6-r6引物对的两条单链dna序列如seqidno.11-12所示或与seqidno.11-12具有至少85%同一性,所述f7-r7引物对的两条单链dna序列如seqidno.13-14所示或与seqidno.13-14具有至少85%同一性,所述f8-r8引物对的两条单链dna序列如seqidno.15-16所示或与seqidno.15-16具有至少85%同一性,所述f9-r9引物对的两条单链dna序列如seqidno.17-18所示或与seqidno.17-18具有至少85%同一性,所述f10-r10引物对的两条单链dna序列如seqidno.19-20所示或与seqidno.19-20具有至少85%同一性,所述f11-r11引物对的两条单链dna序列如seqidno.21-22所示或与seqidno.21-22具有至少85%同一性,所述f12-r12引物对的两条单链dna序列如seqidno.23-24所示或与seqidno.23-24具有至少85%同一性,所述f13-r13引物对的两条单链dna序列如seqidno.25-26所示或与seqidno.25-26具有至少85%同一性,所述f14-r14引物对的两条单链dna序列如seqidno.27-28所示或与seqidno.27-28具有至少85%同一性,所述f15-r15引物对的两条单链dna序列如seqidno.29-30所示或与seqidno.29-30具有至少85%同一性,所述f16-r16引物对的两条单链dna序列如seqidno.31-32所示或与seqidno.31-32具有至少85%同一性,所述f17-r17引物对的两条单链dna序列如seqidno.33-34所示或与seqidno.33-34具有至少85%同一性,所述f18-r18引物对的两条单链dna序列如seqidno.35-36所示或与seqidno.35-36具有至少85%同一性,所述f19-r19引物对的两条单链dna序列如seqidno.37-38所示或与seqidno.37-38具有至少85%同一性,所述f20-r20引物对的两条单链dna序列如seqidno.39-40所示或与seqidno.39-40具有至少85%同一性,所述f21-r21引物对的两条单链dna序列如seqidno.41-42所示或与seqidno.42-42具有至少85%同一性,所述f22-r22引物对的两条单链dna序列如seqidno.43-44所示或与seqidno.43-44具有至少85%同一性,所述f23-r23引物对的两条单链dna序列如seqidno.45-46所示或与seqidno.45-46具有至少85%同一性。每对pcr引物对由两条单链dna组成。

可选地,根据上述的组合物,所述单碱基延伸引物组合物包括序列如seqidno.47-69所示的单链dna或与序列seqidno.47-69具有至少85%同一性的单链dna。

本发明还提供了一种用于检测精神分裂症相关snp位点的试剂盒,所述试剂盒包括上述的组合物。

本发明还提供了产品,所述产品为用于检测精神分裂症相关snp位点的分析系统、中国人精神分裂症的发病风险评估系统或中国人精神分裂症筛查系统。所述产品包括上述的组合物或上述的试剂盒。所述产品还包括数据获取模块、位点突变分类模块、突变值获得模块和结果判断模块。所述组合物或所述试剂盒被配置为检测受检者的所述snp位点,获得所述snp位点的检测结果。所述数据获取模块被配置为根据所述snp位点的检测结果获得所述snp位点的突变数据。所述位点突变分类模块被配置为对所述snp位点的突变数据进行分类,获得所述snp位点的分类值。所述突变值获得模块被配置为根据所述snp位点的分类值获得所述受检者的突变值。所述结果判断模块被配置为根据所述受检者的突变值确定所述受检者的精神分裂症的发病风险。

所述突变值获得模块可被配置为根据所述snp位点的分类值和所述snp位点的等级信息获得所述受检者的突变值。所述snp位点的等级信息具体可根据该位点在东亚人群中的突变频率、对基因表达的影响进行分级,例如实施例中表1所示。

可选地,上述产品还包括软件。软件具体可为massarray软件。

上述的组合物或上述的试剂盒或上述的产品的应用也属于本发明的保护范围。该应用具体为在制备筛查和/或预测和/或辅助诊断和/或诊断精神分裂症产品中的应用。

本发明还提供了一种计算机可读存储介质,其上存储有计算机程序,所述计算机程序被处理器执行时实现基于精神分裂症相关snp位点的分析方法,所述方法包括如下步骤:

s1,根据snp位点的检测结果获得所述snp位点的突变数据,所述snp位点包括rs4522708、rs11038167、rs11038172、rs835784、rs1051061、rs7757969、rs3933097、rs9326555、rs10489202、rs2269372、rs2734647、rs2239464、rs2269368、rs1344706、rs1006737、rs945110040、rs1187475413、rs865922915、rs558721552、rs531105836、rs950422183、rs1230599095和rs752084147;

s2,对所述snp位点的突变数据进行分类,获得所述snp位点的分类值;

s3,根据所述snp位点的分类值获得所述受检者的突变值;

s4,根据所述受检者的突变值确定所述受检者的精神分裂症的发病风险。

可选地,上述步骤s1中的snp位点的检测结果可采用上述组合物对待测样品基因组中snp位点的核苷酸序列进行检测获得。例如,采用上述pcr引物对组合物和单碱基延伸引物组合物对待测样品基因组进行pcr扩增和单碱基延伸反应,再应用massarray对反应产物进行筛查,确定所述待测样品基因组中snp位点的基因型,该基因型即为snp位点的检测结果。

本发明还提供了一种计算机处理设备,包括处理器及上述的计算机可读存储介质,所述处理器执行所述计算机可读存储介质上的计算机程序。

本发明还提供了一种电子终端,包括处理器、存储器、及通信器;所述存储器用于存储计算机程序,所述通信器用于与外部设备进行通信连接,所述处理器用于执行上述的计算机可读存储介质上的计算机程序。

上文中,精神分裂症可为中国人的精神分裂症。

上文中,术语“同一性”指的是序列的相似性。“同一性”包括与本发明所述的表2和/或表3所示的引物序列具有至少85%(例如可以为,但不限于85%、95%或者更高)同一性的核苷酸序列。

目前,对于精神分裂症的风险评估,已经发现多个与中国人群精神分裂症发病风险相关的snp位点,而精神分裂症作为一种复杂多基因共同作用的疾病,所涉及的位点众多。本发明提供的用于检测精神分裂症相关snp位点的组合物所检测的snp位点是通过大量文献和hgmd、clinvar等途径收集而来,经过了p值、or(oddsratio)值筛选,进一步经过了eqtl、次等位基因频率(minorallelefrequency,maf)注释,因此得到的snp位点可靠,该组合物可用于中国人群精神分裂症的早期筛查。

本发明提供的组合物覆盖精神分裂症相关检测基因位点数量多,且专门针对中国人群的精神分裂症风险评估检测,能更高效地进行中国人群精神分裂症患病风险的评估;可筛查出易患精神分裂症的高危人群,为精神分裂症的早期预防、早期干预、临床辅助诊断提供了新的途径。

本发明提供的试剂盒和/或产品可用于为中国人群精神分裂症筛查,能够对中国人群精神分裂症相关的位点突变实现特异性检测,具有准确性强、灵敏度高、以及成本低、检测周期短等优势,适用于广泛推广。

除了适用于患病人群的基因数据分析,本发明提供的产品也可对正常表型人群的基因筛查数据进行诊断分析,对正常表型的突变携带者本人进行风险评估,规避后天的风险因素。填补了现有技术的空缺。

现有疾病筛查报告单中大多仅呈现了基因检测结果,其专业性使大多就诊者难以解读。本发明提供的产品能够基于精神分裂症相关snp位点的基因数据进行智能诊断,给出疾病患病风险评估和建议,并为受检者生成诊断建议报告单,让受检者可以自助解读自己的基因数据以及获取可靠的建议。

具体实施方式

下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述,给出的实施例仅为了阐明本发明,而不是为了限制本发明的范围。以下提供的实施例可作为本技术领域普通技术人员进行进一步改进的指南,并不以任何方式构成对本发明的限制。

下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法,按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。

实施例1检测位点的收集和筛选

首先通过关键字“chinese”、“han”、“schizophrenia”、“genome-wideassociation”、“meta”在pubmed数据库(https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/)中搜索相关文献,筛选基于中国人群精神分裂症所做的gwas和meta分析研究。所选研究中均对分析的snp进行了maf>0.01和哈温平衡检验(p-value>1*10-6)过滤,从中提取or值>1且p<9.25×10-5的snp位点,共计15个。然后通过hgmd数据库(http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php)收集中国人群精神分裂症研究中,影响分类为dm(至少在一篇文献中被报道为导致疾病的病理性疾病突变)的snp位点,共计8个。

下一步通过dbsnp数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/,version154,21/4/2020)确定各snp的等位基因在东亚人群中的突变频率。大多数频率数据来自于千人基因组(1000genomes),部分位点在1000genomes中不存在时,采用来自dbgap的数据(alfa)。然后通过qtlbase数据库(http://mulinlab.org/qtlbase/)确定在脑组织中各snp对基因表达的影响。进一步地,参考pharmgkb中关于snp对药物反应的注释,通过snp在东亚人群中的突变频率、对基因表达的影响,将各snp进行一个分级,以进一步明确各snp对中国人群精神分裂症发病风险的重要性。其中level1表示影响程度大,level2表示影响程度中等,level3表示影响程度小,详细信息见表1(中国人群精神分裂症相关snp位点及其重要性等级),其中,pmid为涉及该snp位点与中国人群精神分裂症相关性研究的pubmed文献编号,riskallele为该snp位点的风险等位(突变等位),otherallele为除风险等位外的其他等位(参考等位),东亚人群频率指的是风险等位在东亚人群中的频率,eqtl指该snp在脑组织中与精神分裂症相关基因表达显著相关,p-value(eqtl)指snp在脑组织中与精神分裂症相关基因表达显著相关的p值,pmid(eqtl)指进行eqtl研究对应文献的pubmed文献编号。

表1中国人群精神分裂症相关snp位点及其重要性等级

注:dp指该位点在hgmd数据库中被注释为:人群中等位基因频率>1%,且同某类疾病或表型(本文指的是精神分裂症)具有重要关联性,但并未被证实具有功能型影响);dfp指该位点在hgmd数据库中被注释为:人群中等位基因频率>1%,且同某类疾病或表型(本文指的是精神分裂症)具有重要关联性,并被证实具有功能型影响;dm指该位点在hgmd数据库中被注释为:至少在一篇文献中被报道为导致疾病的病理性疾病突变。

实施例2针对收集的位点进行引物设计

针对上述得到的所有中国人群精神分裂症相关snp位点进行引物设计得到的引物组,该引物组是通过10次迭代,从中选取最优值得到。

上述snp位点的pcr引物及其相关信息如表2所示。

表2snp位点的pcr引物

上述snp位点的单碱基延伸引物如表3所示。

表3snp位点的单碱基延伸引物

注:mass是指包括相应序列的片段在massarray检测中相应离子的质核比(m/z)。

采用上述引物检测上述snp位点的方法具体包括:

(1)pcr扩增:

pcr扩增反应液:10×pcr缓冲液、mgcl2、dntpmix、hotstartaq酶、pcr引物混合物(pcrprimermix),水定容至4μl。pcr引物混合物为将表2的pcr引物混合在一起获得,其中,每种引物的浓度为0.5μm。在制备好的pcr扩增反应液(4μl)中加入制备好的dna样本1μl(即50ng)进行pcr扩增,获得pcr扩增物。pcr扩增反应液具体试剂及用量参见表4,pcr程序参见表5。

表4pcr扩增反应液

表5pcr程序

(2)碱性磷酸酶反应:

根据表6制备碱性磷酸酶处理反应液,在步骤(1)所得的pcr扩增物共5μl中加入含sap酶的sap碱性磷酸酶处理反应液2μl形成sap反应体系;所述sap反应体系中sap酶的浓度为0.5u/μl。

表6碱性磷酸酶处理反应液

反应程序:

37℃40分钟;

85℃5分钟;

4℃保温。

(3)单碱基延伸反应:

根据表7配制单碱基延伸反应液,extendprimermix(延伸引物混合物)为表3中延伸引物混合在一起形成。

表7单碱基延伸反应液

在步骤(2)反应所得物共7μl中加入上述制备的单碱基延伸反应液2μl,参照表8的循环反应程序进行单碱基延伸反应。

表8循环反应程序

(4)树脂纯化:

将步骤(3)所获得的反应产物9μl加16μl水进行稀释,稀释后使用树脂进行脱盐。

(5)芯片点样:

将经步骤(4)脱盐处理后的样品点在芯片上,自然结晶。

(6)质谱检测:

将经步骤(5)处理的芯片上机进行质谱检测,并收集数据。

上述引物序列都能对样本进行准确分型,同时也能够达到质谱检测技术的要求,实现应用massarray平台对中国人群精神分裂症进行快速有效的检测。

实施例3位点检测结果的解读系统确立

本实施例通过python编码实现。

该实施例是上述snp位点的分析系统,所述系统至少包括位点突变分类模块、突变值获得模块和结果判断模块。

位点突变分类模块,用于将上述snp位点的突变结果进行分类获得分类值。未发生突变(即两条染色体的snp位点的碱基为参考碱基)的位点的分类值为0,杂合突变或异质突变(即一条染色体的snp位点的碱基为参考碱基,另一条染色体的snp位点的碱基为突变碱基)的位点的分类值为1,纯合突变或均质突变(即两条染色体的snp位点的碱基为突变碱基)的位点的分类值为2。在本实施例中,具体包括数据转化脚本,所述数据转化脚本将上述snp位点检测的突变结果转化为数值,得到标准化基因数据表格。

突变值获得模块,用于获得所有相关snp突变值的综合打分获得受检者的突变值。根据表1将上述snp位点分为3个等级。根据其论证的重要性,给出一个对应的基础分值,例如,level3位点的基础分值为1,level2位点的基础分值为2,level1的基础分值为7。各snp位点的分值计算规则为基础分值×分类值,例如:rs4522708属于leve13位点,对应的基础分值为1,若rs4522708的检出基因型为aa纯合突变型,则对应分类值为2,则该位点的分值为1×2,结果为2。综合打分为各snp位点分值求和获得受检者的突变值。

结果判断模块,用于根据前述受检者的突变值判断中国人群精神分裂症的发病风险。当突变值≤8时,受检者精神分裂症发病风险为低风险;当突变值>8且<18时,受检者精神分裂症发病风险为中风险;当突变值为≥18时,受检者精神分裂症发病风险为高风险。

具体地,结果判读模块中,根据精神分裂症相关snp位点的突变状态判断患病风险的标准为:

①若突变值≤8,则发生4个level1位点纯合突变及以下,患病风险为低风险;

②若突变值≥18,则发生至少1个level3位点纯合突变加1个level2位点纯合突变,患病风险为高风险;

③若突变值>8且<18,则患病风险为中风险。

详细信息可见表9(中国人群精神分裂症突变情况综合打分及风险评估结果和建议)。

表9中国人群精神分裂症突变情况综合打分及风险评估结果

实施例4snp位点的分析系统

该实施例是上述snp位点的分析系统的另一个实施例,所述分析系统除包括位点突变分类模块、突变值获得模块和结果判断模块以外,还包括数据获取模块。

数据获取模块,用于读取受检者的基因检测结果,对所述基因检测结果进行信息提取,并将受检者精神分裂症相关snp位点检测的基因数据上传至位点突变分类模块。所述受检者精神分裂症相关snp数据至少包括受检者表1所述位点中所有突变的位点名称及位点的突变结果数据。

实施例5snp位点的分析系统

该实施例是上述snp位点的分析系统的另一个实施例,所述分析系统除包括位点突变分类模块、突变值获得模块和结果判断模块以外,还包括报告单生成模块。

报告单生成模块,用于根据精神分裂症相关snp的突变状态,得到匹配的疾病风险的风险评估和建议,并为受检者生成基因筛查报告单,让受检者可以自助解读自己的基因数据以及获取可靠的建议。

以上对本发明进行了详述。对于本领域技术人员来说,在不脱离本发明的宗旨和范围,以及无需进行不必要的实验情况下,可在等同参数、浓度和条件下,在较宽范围内实施本发明。虽然本发明给出了特殊的实施例,应该理解为,可以对本发明作进一步的改进。总之,按本发明的原理,本申请欲包括任何变更、用途或对本发明的改进,包括脱离了本申请中已公开范围,而用本领域已知的常规技术进行的改变。按以下附带的权利要求的范围,可以进行一些基本特征的应用。

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<110>成都果壳医学科技有限公司

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acgttggatgctgaaatggtcatgaacccc30

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<211>23

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<213>人工序列(artificialsequence)

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gtgtctaaaataacatagctgatgag26


技术特征:

1.一种用于检测精神分裂症相关snp位点的组合物,其特征在于:所述组合物包括检测人基因组中snp位点的多态性或基因型的物质,所述snp位点包括rs4522708、rs11038167、rs11038172、rs835784、rs1051061、rs7757969、rs3933097、rs9326555、rs10489202、rs2269372、rs2734647、rs2239464、rs2269368、rs1344706、rs1006737、rs945110040、rs1187475413、rs865922915、rs558721552、rs531105836、rs950422183、rs1230599095和rs752084147。

2.根据权利要求1所述的组合物,其特征在于:所述组合物含有扩增包括所述snp位点在内的人基因组dna片段的pcr引物对组合物和/或单碱基延伸引物组合物。

3.根据权利要求1所述的组合物,其特征在于:所述pcr引物对组合物包括f1-r1引物对、f2-r2引物对、f3-r3引物对、f4-r4引物对、f5-r5引物对、f6-r6引物对、f7-r7引物对、f8-r8引物对、f9-r9引物对、f10-r10引物对、f11-r11引物对、f12-r12引物对、f13-r13引物对、f14-r14引物对、f15-r15引物对、f16-r16引物对、f17-r17引物对、f18-r18引物对、f19-r19引物对、f20-r20引物对、f21-r21引物对、f22-r22引物对和f23-r23引物对,所述f1-r1引物对的两条单链dna序列如seqidno.1-2所示或与seqidno.1-2具有至少85%同一性,所述f2-r2引物对的两条单链dna序列如seqidno.3-4所示或与seqidno.3-4具有至少85%同一性,所述f3-r3引物对的两条单链dna序列如seqidno.5-6所示或与seqidno.5-6具有至少85%同一性,所述f4-r4引物对的两条单链dna序列如seqidno.7-8所示或与seqidno.7-8具有至少85%同一性,所述f5-r5引物对的两条单链dna序列如seqidno.9-10所示或与seqidno.9-10具有至少85%同一性,所述f6-r6引物对的两条单链dna序列如seqidno.11-12所示或与seqidno.11-12具有至少85%同一性,所述f7-r7引物对的两条单链dna序列如seqidno.13-14所示或与seqidno.13-14具有至少85%同一性,所述f8-r8引物对的两条单链dna序列如seqidno.15-16所示或与seqidno.15-16具有至少85%同一性,所述f9-r9引物对的两条单链dna序列如seqidno.17-18所示或与seqidno.17-18具有至少85%同一性,所述f10-r10引物对的两条单链dna序列如seqidno.19-20所示或与seqidno.19-20具有至少85%同一性,所述f11-r11引物对的两条单链dna序列如seqidno.21-22所示或与seqidno.21-22具有至少85%同一性,所述f12-r12引物对的两条单链dna序列如seqidno.23-24所示或与seqidno.23-24具有至少85%同一性,所述f13-r13引物对的两条单链dna序列如seqidno.25-26所示或与seqidno.25-26具有至少85%同一性,所述f14-r14引物对的两条单链dna序列如seqidno.27-28所示或与seqidno.27-28具有至少85%同一性,所述f15-r15引物对的两条单链dna序列如seqidno.29-30所示或与seqidno.29-30具有至少85%同一性,所述f16-r16引物对的两条单链dna序列如seqidno.31-32所示或与seqidno.31-32具有至少85%同一性,所述f17-r17引物对的两条单链dna序列如seqidno.33-34所示或与seqidno.33-34具有至少85%同一性,所述f18-r18引物对的两条单链dna序列如seqidno.35-36所示或与seqidno.35-36具有至少85%同一性,所述f19-r19引物对的两条单链dna序列如seqidno.37-38所示或与seqidno.37-38具有至少85%同一性,所述f20-r20引物对的两条单链dna序列如seqidno.39-40所示或与seqidno.39-40具有至少85%同一性,所述f21-r21引物对的两条单链dna序列如seqidno.41-42所示或与seqidno.42-42具有至少85%同一性,所述f22-r22引物对的两条单链dna序列如seqidno.43-44所示或与seqidno.43-44具有至少85%同一性,所述f23-r23引物对的两条单链dna序列如seqidno.45-46所示或与seqidno.45-46具有至少85%同一性。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的组合物,其特征在于:所述单碱基延伸引物组合物包括序列如seqidno.47-69所示的单链dna或与序列seqidno.47-69具有至少85%同一性的单链dna。

5.一种用于检测精神分裂症相关snp位点的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒包括权利要求1-4中任一项所述的组合物。

6.产品,其特征在于:所述产品为用于检测精神分裂症相关snp位点的分析系统、中国人精神分裂症的发病风险评估系统或中国人精神分裂症筛查系统;所述产品包括权利要求1-4中任一项所述的组合物或权利要求5所述的试剂盒,

所述产品还包括数据获取模块、位点突变分类模块、突变值获得模块和结果判断模块;

所述组合物或所述试剂盒被配置为检测受检者的所述snp位点,获得所述snp位点的检测结果;

所述数据获取模块被配置为根据所述snp位点的检测结果获得所述snp位点的突变数据;

所述位点突变分类模块被配置为对所述snp位点的突变数据进行分类,获得所述snp位点的分类值;

所述突变值获得模块被配置为根据所述snp位点的分类值获得所述受检者的突变值;

所述结果判断模块被配置为根据所述受检者的突变值确定所述受检者的精神分裂症的发病风险。

7.权利要求1-4中任一项所述的组合物或权利要求5所述的试剂盒或权利要求6所述的产品在制备筛查和/或预测和/或辅助诊断和/或诊断精神分裂症产品中的应用。

8.一种计算机可读存储介质,其上存储有计算机程序,所述计算机程序被处理器执行时实现基于精神分裂症相关snp位点的分析方法,所述方法包括如下步骤:

s1,根据snp位点的检测结果获得所述snp位点的突变数据,所述snp位点包括rs4522708、rs11038167、rs11038172、rs835784、rs1051061、rs7757969、rs3933097、rs9326555、rs10489202、rs2269372、rs2734647、rs2239464、rs2269368、rs1344706、rs1006737、rs945110040、rs1187475413、rs865922915、rs558721552、rs531105836、rs950422183、rs1230599095和rs752084147;

s2,对所述snp位点的突变数据进行分类,获得所述snp位点的分类值;

s3,根据所述snp位点的分类值获得所述受检者的突变值;

s4,根据所述受检者的突变值确定所述受检者的精神分裂症的发病风险。

9.一种计算机处理设备,其特征在于:包括处理器及权利要求8所述的计算机可读存储介质,所述处理器执行所述计算机可读存储介质上的计算机程序。

10.一种电子终端,其特征在于:包括处理器、存储器、及通信器;所述存储器用于存储计算机程序,所述通信器用于与外部设备进行通信连接,所述处理器用于执行权利要求8所述的计算机可读存储介质上的计算机程序。

技术总结
本发明公开了检测精神分裂症相关SNP位点的组合物、产品及其应用。该组合物包括检测人基因组中SNP位点的多态性或基因型的物质,所述SNP位点包括rs4522708、rs11038167、rs11038172、rs835784、rs1051061、rs7757969、rs3933097、rs9326555、rs10489202、rs2269372、rs2734647、rs2239464、rs2269368、rs1344706、rs1006737、rs945110040、rs1187475413、rs865922915、rs558721552、rs531105836、rs950422183、rs1230599095和rs752084147。该组合物可用于中国人群精神分裂症的早期筛查。

技术研发人员:马玉昆;贾寒;吕丽;冉函;韩仕伟;黎松;孙琼琳;李伟华
受保护的技术使用者:成都果壳医学科技有限公司
技术研发日:2021.05.18
技术公布日:2021.07.02

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